发源地不同。无公害食品主要起源于中国，“无公害”一词从国外引入，绿色食品起源于中国，有机食品和有机农业的发源地是欧洲。
标识不同。无公害食品及绿色食品的标识都是唯一的。有机食品在不同的国家、不同的认证机构其标识不相同，2005年4月1日，我国出台了有机产品国家标准，在国内通过有机认证的产品包装除要粘贴认证机构标识外，都需加贴国家标识。
认证机构不同。无公害食品由农业部及各省市食用农产品安全生产体系办公室统一认证；绿色食品的认证由中国绿色食品发展中心负责全国绿色食品的统一认证和最终认证审批，各省、市、区绿色食品办公室协助认证；有机食品的认证是由具有有机认证资质的认证机构进行认证。
认证方式不同。无公害食品的认证以检查认证为主、检测认证为辅；绿色食品的认证以检测认证为主；有机食品的认证是在国家认监委的监督下，由具有认证资质的机构进行认证。
标准不同。无公害食品禁用高毒高残农药、推广使用低毒低残农药；绿色食品推畅减量化使用常规农药、化肥；有机食品不能使用农药、化肥、食品添加剂及转基因物质。
